三代测序的基本原理、组装方法和应用场景
PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍 PB：光信号，荧光基团结合碱基测序Nanopore：电信号优点 无GC偏好性缺点 错误率较高有效孔只有三分之一三代测序组装方法 参考文献：Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data常用软件 Canu 纠错、修剪、组装FALCON（PB自主开发） 可做二倍体和单倍体可通过Hi-C数据对二倍体进行组装MECAT文献结论 三代测序应用场景 基因组 测序优势 可价格低contig数量，减少后续拼接与注释的工作量，节省时间提高了基因组组装的完整度算法 OLCDBG表观遗传学（甲基化） 总量鉴定高通量测序宏基因组全场转录本全长16S二代+三代组装分析比较 Nanopore组装效果比较好优势 基因全面组装N50效果好binning高质量基因组