博主系计算机专业生物信息方向，近来被boss安排来做anti-crispr预测问题，从了解CRISPR机制开始，在文献+各类讲解视频的轰炸下，略有收获（感受到了来自不同学科的学习乐趣，逃。。），写一篇博客来记录一下自己对CRISPR的理解。
CRISPR技术是一种强大的基因组编辑工具，省时间且编辑精度高，被广泛应用于各类生物学问题研究中，对于生物学家了解生物体内的代谢过程, 生物体内基因的功能研究和现代基因治疗都有着至关重要的作用。
CRISPR技术是细菌体内的获得性免疫系统, 是用来对抗侵略细菌的外源DNA, 质粒和噬菌体的（类似于人体的获得性免疫）。
如上图所示，噬菌体附着在细菌表面，释放DNA到细菌体内复制DNA并繁衍后代，最终脱离细菌导致被侵染的细菌死亡，CRISPR技术是细菌体内用于对抗病毒入侵的免疫系统。
CRISPR（clusted regularly interspaced short palindromic repeats）
(1) short: DNA repeats是短的，通常为28-37bp (2) palindromic: 每一段DNA repeats都是回文的，即从左到右读和从右到左读是一样的 (3) regularly interspaced: 每段DNA repeats之间都有规律性的DNA，称作Spacer DNA，该段DNA为phage DNA片段用于免疫识别。
如上图所示，在phage第一次侵染bacteria时，会复制phage的一段基因到bacteria的基因序列上（可视作已获取该phage的免疫），第二次该phage去侵染时，bacteria识别该段基因序列，并破坏序列结构，成功防御。
该部分主要介绍两种较为成熟的anti-CRISPR检测方法：（1）guilt-by-association方法；（2）self-targetting。
主要思路：
检测anti-Crispr的下游稳定物质：包括anti-CRISPR-associated的HTH蛋白质，再利用基因组定位技术以高可信度预测新的假想protein family的anti-CRISPR活性。
