从公众号商城和小程序商城的功能上来看，并没有太大的差别，公众号商城能实现的功能，小程序商城基本也能实现，其他方面具体有以下区别：
1、流量入口
小程序商城：附近的小程序，小程序码、搜索、微信群、好友推送等60+入口。
公众号商城：公众号菜单、朋友圈、微信群。
2、功能直达
小程序商城：通过搜索功能，可以直接进入小程序。
公众号商城：需要通过公众号后进入，无法通过搜索等功能直达。
3、营销场景
小程序商城：可以独立展示，可以实现线下+线上场景，营销场景丰富，若企业能够配合一些营销活动，即可吸引大量流量，并直接实现变现。
公众号商城：无法独立展示，依托于公众号，营销场景单一，且需吸引粉丝，留住粉丝，转化粉丝，才能实现变现。
5、打开途径
小程序商城：小程序可以直接添加到安卓手机的桌面，使用时轻轻一点即可打开。而非安卓手机，也可以在微信消息页的下拉列表中找到历史使用记录并打开。
公众号商城：想要打开公众号商城，需打开微信公众号，找到商城所在的菜单栏，才能到达指定页面。
对于已有一定粉丝基础的企业和小程序的企业和商家而言，可以选择公众号商城+小程序的模式，实现“两手抓”，从而拓展更多客源。对于粉丝较少的商家而言，可以先做小程序来获取更多客源。但最终选择公众号商城还是小程序，还需要商家根据自己的情况而定。
